Os cientistas da Sky Force, um departamento militar de defesa, descobrem uma energia chamada Birdonic, eles procuram uma forma de transplantar tal energia nos humanos. A comandante Aya Odagiri escolhe 5 pessoas para fazerem parte de tal projeto, dentre eles o casal Ryu Tendo e Rie Aoi. Logo depois de Ryu ter recebido a energia Birdonic, a base da Sky Force (numa estação espacial) é atacada pelas forças de Vyran, e Rie é sequestrada. Os padrões de energia restante se espalham aleatoriamente pelo Japão e atingem quatro civis, Aya e Ryu partem na busca das pessoas atingidas. Com alguma relutância inicial dos quatro membros restantes é formado o Esquadrão Homem Pássaro Jetman, que luta contra a invasão de Vyran, comandados por Radiguet.