O mestre de um clã ninja de nome Hayate, realizava em sua escola um treinamento rotineiro com alguns jovens. Tudo parecia normal até então, se não fosse uma invasão. A terra mais uma vez foi invadida, e desta vez por uma organização ninja alienígena chamada Jakanja. Na investida, é enviado um monstro cujo seu primeiro ataque foi contra a escola ninja, onde foram sugados para a dimensão de Jakanja todos os alunos, e até mesmo o templo. Vendo que seu destino era o mesmo, o então sábio mestre Mugensai Hinata resolve usar um de seus poderes e se transforma em um pequeno hamster, felizmente escapando do ataque. A Onda de destruição era tamanha que acreditava-se que o clã havia sido extinto. Porém, no dia do ataque que coincidia com uma cerimônia ninja na escola, três dos discípulos não compareceram, e isso foi de extrema importância, para não dizer de total importância. Os três discípulos receberam a missão de lutar contra o monstro e assim salvar seus companheiros de escola, mas como? A Luta entre eles não foi como se esperava, e quando tudo parecia perdido, a filha do mestre que por sua vez estava arrasada com tal acontecimento, consegue transportar os três jovens a um esconderijo secreto. Lá, os jovens recebem todas as instruções necessárias além de seus Hurricane Gyroscope (transformadores), e eles por sua vez ficam surpresos com tudo aquilo, mas prometem lutar em defesa da terra. Com os Hurricane Gyroscope em mãos o Joven Yosuke (que controlava a técnica do ar) se tornou Hurricane Red, Kurota (que controlava a técnica da terra) se tornou Hurricane Yellow, e a jovem Nanami (que controlava a técnica da água) se tornou a Hurricane Blue. Com isso estava formado o esquadrão que defenderia a terra dos malígnos Jakanja, o Esquadrão dos ninjas dos ventos Hurricaneger (ou Harikenja no original). A Missão não era fácil mas os jovens discípulos tinham ao seu lado o mestre Mugensai (que tinha decidido não voltar mais a forma humana, pelo menos até os Jakanja serem destruídos) e sua filha Oboro Hinata, uma expert em tecnologia. Ela, além de ter feito os Hurricane Gyroscope, desenvolveu também os mechas dos Hurricaneger.